Darbo užmokestis už atostogas dažniausiai išmokamas išleidžiant darbuotoją atostogų. Tačiau, kaip bet kokia su darbo santykiais susijusių pajamų dalis, atostoginiai turėtų būti apmokestinami pagal GPM įstatymo 23 straipsnyje nustatytas su darbo santykiais susijusių pajamų, išmokamų dalimis, GPM sumokėjimo taisykles. Todėl GPM, nors ir išskaičiuotas išmokant atostoginius, turėtų būti sumokamas pagal bendrąsias taisykles. Jeigu paskutinė su darbo santykiais susijusių pajamų dalis už tą mėnesį, už kurį buvo priskaičiuotas darbo užmokestis už atostogas, išmokama laiku – per 10 darbo dienų mėnesiui pasibaigus, GPM į biudžetą turėtų būti sumokamas su paskutine išmokos dalimi – iki kito mėn. 15 dienos (GPMĮ 23 str. 5 ir 6 d.). Jeigu paskutinė išmokos dalis už tą mėnesį vėluotų, reikėtų grįžti atgal į praėjusį mėnesį.